Los riesgos asociados al microtranspondedor incluyen los siguientes:
- Reacción adversa del tejido
- Migración del transpondedor
- El microtranspondedor no funciona correctamente
- Fallo del dispositivo de inserción
- Fallo del escáner eléctrico
- Interferencia electromagnética
- Riesgos eléctricos
- Interferencia con IRM
Estos riesgos se han reducido por medio del establecimiento de ciertos requisitos de prueba para este dispositivo por parte de la FDA, tales como el requisito de realizar pruebas de biocompatibilidad, pruebas de migración, pruebas de rendimiento, pruebas de compatibilidad electromagnética, pruebas de seguridad eléctrica y pruebas de compatibilidad con IRM.